La serie se inicia en la ciudad de Okinawa en septiembre del 2005, cerca de la base aérea de Kadena en Estados Unidos. Bajo el cuidado de su familia adoptiva, Saya Otonashi vive como una persona amnésica, pero intenta llevar la vida de una adolescente normal. Sin embargo, sus días felices y pacíficos se ven afectados cuando es atacada por un Quiróptero (monstruo hematófago con apariencia de murciélago gigante que se alimenta de sangre humana).
