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Clannad narra la historia de Tomoya Okazaki, un melancólico estudiante de tercer año de preparatoria. Al morir su madre cuando él era joven, queda en custodia de Naoyuki, su padre, quien al verse afectado por esta trágica pérdida acaba hundido en el juego y el alcohol. Las relaciones padre-hijo se complican hasta el punto en que Tomoya decide frecuentar su casa lo menos posible, desarrollando una personalidad cerrada e indiferente, llena de conflictos interiores y sin deseos de superación.