Gira en torno a las vidas de un rōnin llamado Hyakkimaru y un joven huérfano ladrón llamado Dororo durante el Período Sengoku. El niño sin nombre nació mal formado, sin órganos internos, sin extremidades y sin rasgos faciales debido a que su padre el daimio Daigō Kagemitsu selló un pacto con cuarenta y ocho yōkais para que su territorio sea próspero.