El show se centra en Malcolm lidiando con las dificultades de ser un adolescente y aguantar las excentricidades de su vida y de su familia. La historia inicia cuando se descubre que Malcolm, quien al igual que sus hermanos es calificado como un chico con tendencia al desorden y la mala conducta, es un chico muy inteligente, con un IQ radicalmente por encima de la media, por lo que es reasignado a la clase de superdotados, un salón lleno de chicos nerds acostumbrados a ser abusados por los otros alumnos y consentidos por los profesores. En las siguientes temporadas gradualmente se explora a otros miembros de la familia y sus amigos en mayor profundidad, incluyendo a otros personajes como Craig Feldspar, el compañero de trabajo de Lois y el amigo de Malcolm, Stevie Kenarban o su padre, Abe.
