Candidate for Goddess tiene lugar un milenio después del año estelar 4084, cuando un cataclismo llamado "Crisis de los Sistemas" provocó la aniquilación de cuatro sistemas planetarios. Siendo Sión el único planeta que queda con capacidad para sustentar la vida humana la cual debe aferrarse a la vida en colonias espaciales. Ahora, en el año estelar 5030, Sión se encuentra bajo la amenaza constante de invasión por parte de formas de vida extraterrestres apodadas Víctima. Para combatir a sus enemigos alienígenas, los humanos han desarrollado un quinteto de armas gigantes mecanizadas llamadas Diosas por su parecido femenino y humanoide.
