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Dr. Stone cuenta la historia de dos adolescentes, Senku y Taiju; Senku se caracteriza por ser sumamente inteligente además de pertenecer al club de química de su escuela mientras que Taiju, no es demasiado inteligente como él, pero lo compensa con su gran fuerza física y que está enamorado de una linda estudiante de nombre Yuzuriha, de la que pretende confesarse. Cuando está por declarar su amor a su compañera de clases, una luz cegadora de origen desconocido provoca que los seres humanos sin excepciones y las golondrinas se conviertan en piedra.